न्यूमोसिस्टिस निमोनिया (PCP) के सभी प्रस्तुतिकरण एक ही तरह से प्रबंधित नहीं किए जाते हैं। जब वस्तुनिष्ठ गैस-विनिमय मापों से कोई रोगी मध्यम-से-गंभीर श्रेणी में आता है, तो नैदानिक दृष्टिकोण हल्की बीमारी से काफी भिन्न होता है — जिसमें देखभाल का स्थान, चिकित्सा का मार्ग, और यदि प्रारंभिक उपचार अपर्याप्त हो तो उपलब्ध सैल्वेज विकल्प शामिल हैं।
मध्यम-से-गंभीर PCP को कमरे की हवा में आराम से श्वास लेते समय मापे गए एल्वियोलर-धमनी ऑक्सीजन ग्रेडिएंट 4.7 kPa से अधिक और PaO₂ 9.3 kPa से कम द्वारा परिभाषित किया जाता है। इन सीमाओं को पूरा करने वाले रोगियों को अस्पताल में शुरू की गई अंतःशिरा चिकित्सा मिलनी चाहिए, तथा एक बार नैदानिक प्रतिक्रिया स्थापित होने पर मौखिक चिकित्सा में संक्रमण की संभावना के साथ।
इस गंभीरता स्तर के उन रोगियों के लिए जो प्रारंभिक चिकित्सा पर प्रतिक्रिया नहीं दे रहे हैं, या असहिष्णु हैं, केस सीरीज और पूर्वव्यापी अध्ययनों से साक्ष्य एक विशिष्ट सैल्वेज रणनीति का समर्थन करता है — जिसे मोनोथेरेपी या संयोजन में उपयोग किया जा सकता है। पूर्ण उपचार योजना, जिसमें एजेंट चयन, अनुक्रमण और नैदानिक निर्णय बिंदु शामिल हैं, पूर्ण प्रोटोकॉल में है।