बुरुली अल्सर के लिए त्वरित रोगाणुरोधी उपचार आवश्यक है। यह प्रोटोकॉल पुष्टि या संदिग्ध मामलों के लिए अनुशंसित प्रथम-पंक्ति दृष्टिकोण को परिभाषित करता है, जिसमें यह भी शामिल है कि उपचार कब और कैसे प्रत्यक्ष पर्यवेक्षण के अंतर्गत दिया जाना चाहिए।
प्रबंधन एक निर्धारित संयोजन एंटीबायोटिक नियमावली पर केंद्रित है। दोनों एजेंट पूरे उपचार-क्रम में हमेशा एक साथ दिए जाते हैं — दवा-प्रतिरोधी जीवों के चयन को रोकने के लिए संयोजन उपयोग महत्वपूर्ण है। प्रोटोकॉल उन परिस्थितियों के लिए वैकल्पिक मौखिक नियमावली भी निर्दिष्ट करता है जिनमें मानक संयोजन उपयुक्त नहीं है।