जब उदर तपेदिक से संरचनात्मक या आपातकालीन जटिलताएँ उत्पन्न होती हैं, तो प्रबंधन का दृष्टिकोण काफी हद तक बदल जाता है। यह प्रोटोकॉल उन रोगियों के समूह को संबोधित करता है जिनमें रोग की प्रगति के कारण फाइब्रोसिस, स्ट्रिक्चर, हाइपरट्रॉफिक घाव या तीव्र उदर की स्थिति उत्पन्न हुई है।
उदर तपेदिक से पीड़ित वे रोगी जिनमें जटिलताएँ विकसित होती हैं — विशेष रूप से फाइब्रोसिस, आंत्र स्ट्रिक्चर, हाइपरट्रॉफिक घाव, या किसी भी स्थान पर तीव्र उदर — उन्हें एक विशेष प्रबंधन मार्ग की आवश्यकता होती है। शल्य हस्तक्षेप इन जटिलताओं के लिए, अथवा जब गैर-शल्य उपायों से निश्चित निदान स्थापित न किया जा सके, तब आरक्षित रखा जाता है।
इस परिस्थिति में शल्य हस्तक्षेप प्रबंधन का मुख्य आधार है, और जटिलता की प्रकृति तथा स्थान के अनुसार प्रक्रिया का चयन किया जाता है।