Toutes les présentations de la pneumocystose (PCP) ne sont pas prises en charge de la même manière. Lorsque des mesures objectives des échanges gazeux classent un patient dans la catégorie modérée à sévère, l'approche clinique diffère substantiellement de la forme légère — notamment le cadre de prise en charge, la voie d'administration du traitement et les options de recours disponibles en cas d'échec du traitement initial.
La pneumocystose d'intensité modérée à sévère est définie par un gradient alvéolo-artériel en oxygène supérieur à 4,7 kPa, associé à une PaO₂ inférieure à 9,3 kPa, mesurée au repos en air ambiant. Les patients répondant à ces critères doivent recevoir un traitement intraveineux initié en milieu hospitalier, avec la possibilité d'une transition vers un traitement oral une fois la réponse clinique établie.
Pour les patients relevant de cette strate de sévérité qui ne répondent pas au traitement initial ou qui le tolèrent mal, les données issues de séries de cas et d'études rétrospectives appuient une stratégie de recours spécifique — pouvant être utilisée en monothérapie ou en association. Le protocole complet, incluant la sélection des agents, le séquençage et les points de décision clinique, figure dans le protocole intégral.