لا يُقدَّم السل المعوي التجويفي دائماً كحالة أولى غير معقدة. عندما يتكرر المرض، أو يُشتبه بمقاومة الأدوية أو تُؤكَّد، أو حين تكون الحالة السريرية للمريض خطيرة، فإن نهج العلاج يختلف عما يُستخدم في السل المعوي غير المعقد ويستلزم نظاماً علاجياً أكثر دقة وتنظيماً.
يُعالج هذا البروتوكول المرضى المصابين بالسل المعوي التجويفي الذين يُقدَّمون في أيٍّ من السياقات التالية:
تتضمن الإدارة نظاماً علاجياً منظماً متعدد الأدوية لمكافحة السل يُطبَّق على مراحل متتالية — ويُحدَّد اختيار الأدوية الدقيق وتسلسل المراحل واستراتيجية الاستمرار في البروتوكول الكامل أدناه.