العلاج المضاد للطفيليات ضروري لجميع حالات مرض شاغاس الحادة أو المُعاد تنشيطها. يُعدّ الشروع في الوقت المناسب في البروتوكول العلاجي المناسب حجر الأساس في الإدارة العلاجية للتصدي لعدوى T. cruzi.
يشمل العلاج من الخط الأول استخدام أدوية مضادة للطفيليات. يتوفر عقاران معتمدان لعلاج عدوى T. cruzi — يُحدَّد الاختيار بينهما، إلى جانب تفاصيل البروتوكول الكامل ومدته، في البروتوكول السريري المنظم الكامل.