عندما يُفضي السل البطني إلى مضاعفات هيكلية أو طارئة، يتغير نهج الإدارة تغيراً جوهرياً. يتناول هذا البروتوكول الفئة الفرعية من المرضى الذين أدى مسار المرض لديهم إلى تليف أو تضيقات أو آفات ضخامية أو بطن حاد.
يستلزم المرضى المصابون بالسل البطني الذين يُصابون بمضاعفات — ولا سيما التليف والتضيقات المعوية والآفات الضخامية أو البطن الحاد في أي موضع — مساراً علاجياً مختلفاً. يُحجز التدخل الجراحي لهذه المضاعفات، أو حين تتعذر إقامة اليقين التشخيصي بالوسائل غير الجراحية.
يُمثّل التدخل الجراحي ركيزة الإدارة الأساسية في هذا السياق، ويُختار الإجراء وفقاً لطبيعة المضاعفة وموضعها.